秘密实验室副本大体可分为四步，第一步为清理污染晶体。进入副本消灭门口的怪物后，系统会提示清理污染晶体，此时我们需要先行打爆五个污染水晶，之后消灭水晶附近的小怪与精英怪。
清理完小怪与精英怪之后会出现第六个污染水晶，同时出现酸雾来临倒计时，倒计时有一分钟时间，酸雾对我们伤害很高，因此我们需要在一分钟之内打爆第六个被污染的水晶以及跑到仓库内躲避酸雾的伤害。
进入仓库后便是第二步，需要在仓库内抵御六波怪物进攻。每一波怪物进攻都由小怪、自爆小怪以及精英怪组成，这里需要注意的是优先消灭自爆小怪，不要让自爆小怪跑到身边自爆，否则容易扛不住。
抵御成功后进入第三步，前往实验室内布置装置，布置装置后需要等待装置完成进度，期间我们同样需要抵御冲进来的怪物。这里需要注意的是装置旁需要站一个队友，否则装置不会工作，还会降低已完成的进度条。
装置进度100%之后就可以前往安全点了，到达第一个安全点之后周围会出现瘴气，瘴气会对我们造成大量伤害，需要尽快跑出瘴气范围。这里需要注意的是一直跑就行，不用理会周围的怪物，最后到达安全点后再清理追上来的小怪即可，如果血量不够高，那么就需要随时打急救包，用急救包扛过去。
之后便是第四步副本BOSS了，这个BOSS相对来说比较简单，弱点在腹部的黄色肿瘤处，攻击弱点可以造成大量伤害，需要注意的是BOSS会孵化很多卵，出现卵时需要优先打爆这些卵，否则卵会孵化出来各种精英怪增加战斗难度。
